父がA 土地を借りて 建物 を所有していましたが、父死亡後、建物が 隣地Bに 越境 して建ってい

父の持っている権利は、借地権です。借地権は、借主の死亡で終了しませんから、あなたは、Aの借地権を相続します。

そして、建物の登記があれば、Aの借地権を、あとでAを取得した人にも主張できます。

似たような事例で、高裁判決のあった事案がありました。

Bについては、賃借人の20年の占有によって（越境して建っていることで）、賃貸人は、土地所有権を時効取得する。賃貸人が時効を援用しない時に は、時効援用の効果は相対的なので（つまり賃貸人が援用するのと、賃借人が援用するのと別々に考える）、賃借人は、Bの借地権を時効取得を援用できる。

あなたのケースでも、あなたは、20年以上の占有の事実を主張立証すれば、Bについて、借地権を取得できます。

問題は、建物の登記は、あくまで、Aについてで、Bについては登記がないので、たとえばBの新所有者には対抗できないかという点です。

高裁は、新所有者は背信的悪意者で、賃借人の登記がないことを理由に賃借人を排除はできないと結論付けています。

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